Вы когда гасите входящий ВСД через API в ответе на гашение есть партия которая создана в результате гашения ВСД. Если вы сохраните эту информацию в своей учетной системе то в дальнейшем сможете ее получить.
Функций которые предоставляют эти данные разработчики меркурия не предусмотрели. (возможно в будущем)
То что вы описали это рабочий способ.
Но представим ситуацию, что ВСД погасили в веб кабинете Меркурия, и вы загружаете ВСД и запись журнала с помощью соответствующих методов API в свою учетную систему.
В случае, если ВСД НЕ импортное, то API для записей журнала возвращает поле vetDocument.UUID, где есть UUID погашенного ВСД и вы сможете установить связь.
В случае импортного ВСД, поле vetDocument.UUID не указывается и установить связь записи журнала и ВСД невозможно (только по косвенным признакам).
Однако в веб кабинете для записи журнала продукции есть поле "Входящее ВСД" или "Входящий электронный ВСД", где указано это погашенное ВСД.