В соответствии с приложением 2 к приказу Минсельхоза от 27.12.2016 №589

Добрый день!
Подскажите, пожалуйста, кто знает ответы на данные вопросы.
1. При регистрации юр. лиц в эл. виде на адрес эл. почты оператора ФГИС направляется заявка подписанная ЭП руководителя (заместителя руководителя).
Какая имеется ввиду эл. подпись и как её проверяет получатель?

2. Регистрация ИП производится путём направления заявки, подписанной простой ЭП на адрес оператора ФГИС.
Если это логин и пароль, то как он их получил, как он при этом подписывает заявку и как такая подпись проверяется на стороне получателя?

Отправьте все это простым письмом с подписью и печатью, с уведомлением. И не заморачивайтесь с эл.подписью.